El desarrollo de estos organismos constituye un evento evolutivo de gran relevancia, porque representó la transición de las células procariontes a eucariontes. Dicho proceso se ha intentado explicar mediante varias hipótesis; una de las más aceptadas es la “Teoría de la Endosimbiosis Seriada”, propone que pequeñas células procariontes fueron fagocitadas por células procariontes de mayor tamaño, y en su interior pudieron obtener nutrimentos y protección, mientras que las más grandes quizá obtenían energía de las pequeñas.

Características generales del Reino Protista
- Incluyen organismos diversos, desde autótrofos, como las algas hasta heterótrofos como los protozoarios y los hongos mucilaginosos.
- Tienen hábitats distintos distintos, pero la mayoría vive en el medio acuático y pocos en el suelo.
- Generalmente se reproducen de manera asexual, pero en lagunas especies la reproducción es sexual
- Respiran de forma aeróbica
- Su nutrición es diversa, ya que existen protistas fotoautótrofos (contienen cloroplastos), otros presentan nutrición heterótrofa.
Importancia biológica y social
Reciclan nutrientes que los seres humanos necesitan para vivir y constituyen una parte importante de la cadena alimenticia. Muchos protistas también se utilizan comúnmente en investigación médica. Por ejemplo, los medicamentos hechos de protistas se utilizan en el tratamiento de presión arterial alta, problemas digestivos, úlceras y artritis. Otros protistas se utilizan en estudios científicos. Conforman el zooplancton en mares, océanos y cuerpos de agua.
Importancia económica
El valor económico se ve reflejado en los procesos industriales(bioinsecticidas) y de transformación(tratamiento de aguas residuales, bio-remediación) y la importancia que tienen en la salud como agentes infecciososcausantes de la malaria o la amibiasis.
Ejemplos:
- Algas verdes (características)

- Pueden ser unicelulares, pluricelulares o formar colonias.
- Se reproducen de forma asexual o sexual, según la especie.
- Contienen clorofila a y b, y betacaroteno.
- El almidón es su sustancia de reserva.
- Tienen una pared celular compuesta de celulosa.
- Viven en aguas continentales y marinas, aunque pueden encontrar en troncos de árboles mientras exista la suficiente humedad.
- Inician la cadena alimentaria de los sistemas acuáticos y son importantes, evolutivamente, por su relación con las plantas.
2. Algas Pardas (características)

- Tienen mayor complejidad.
- Se reproducen una parte asexual y otra sexual.
- Habitan en los mares fríos.
- Contienen clorofila a y c, y fucoxantina.
- Su sustancia de reserva es la laminarina.
- Su pared celular tiene una sustancia gomosa llamada algina, que se usa para fabricar helados, medicinas y barnices.
3. Algas Rojas (características)

- Son multicelulares.
- Contienen diversos pigmentos.
- Su sustancia de reserva es el almidón florídeo.
- Inician la cadena alimentaria de las comunidades marinas.
- Tienen sustancias gelatinosas como agares, carragenos y gelanos.
- Los agares se utilizan como medios de cultivos.
- Los carragenos, para espesar helados o yogur.
4. Mastigóforos (características)

- Son unicelulares.
- Tienen flagelos.
- Se reproducen de manera asexual por fisión binaria.
- Muchas especies tienen vida libre en aguas dulces y saladas.
- Causan enfermedades al ser humano.
5. Ciliados (características)

- Son unicelulares con una organización estructural compleja.
- Pueden vivir tanto en agua dulce como salada, o en distintos tipos de suelo.
- Cada organismo tiene un núcleo grande llamado macronúcleo, y uno pequeño denominado micronúcleo.
- Se reproducen de manera sexual o asexual.
- Forman parte de la cadena alimentaria y ocupan el segundo nivel trófico, ya que las bacterias son su principal alimento.